शिवरात्रि एवं भगवान शिव से सम्बन्धित अन्य अवसरों पर पौराणिक मन्त्रों के जाप सहित सभी सोलह प्रकार के अनुष्ठानों द्वारा भगवान शिव की पूजा की जाती है। सभी 16 अनुष्ठानों के माध्यम से किये गये देवी-देवताओं के पूजन को षोडशोपचार पूजा के रूप में जाना जाता है।
पूजा का शुभारम्भ, भगवान शिव का ध्यान करते हुये करना चाहिये। ध्यान, शिवलिङ्ग के समक्ष किया जाना चाहिये। भगवान शिव का ध्यान करते समय निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करना चाहिये।
आवाहनं समर्पयामि - भगवान शिव का ध्यान करने के पश्चात्, मूर्ति के समक्ष आवाहन मुद्रा प्रदर्शित करते हुये, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करना चाहिये। दोनों हथेलियों को मिलाकर तथा अँगूठे को अन्दर की ओर मोड़कर आवाहन मुद्रा बनायी जाती है।
पाद्यम् समर्पयामि - भगवान शिव का आवाहन करने के पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, उन्हें चरण प्रक्षालन हेतु जल अर्पित करें।
अर्घ्यम् समर्पयामि - पाद्य अर्पण करने के पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव को मस्तक के अभिषेक हेतु जल अर्पित करें।
आचमनीयम् समर्पयामि - अर्घ्य अर्पण करने के पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव को आचमन हेतु जल अर्पित करें।
गोदुग्ध स्नानम् समर्पयामि - तत् पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव का गाय के दूध से अभिषेक करें।
दधि स्नानम् समर्पयामि - तत् पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव का दधि (दही) से अभिषेक करें।
घृत स्नानम् समर्पयामि - तत् पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव का घृत (घी) से अभिषेक करें।
मधु स्नानम् समर्पयामि - तत् पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव का मधु (शहद) से अभिषेक करें।
शर्करा स्नानम् समर्पयामि - तत् पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव का शर्करा (शक्कर) से अभिषेक करें।
शुद्धोदक स्नानम् समर्पयामि - तत् पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव का शुद्ध एवं स्वच्छ जल से अभिषेक करें।
वस्त्रं समर्पयामि - शुद्धोदक स्नान अर्पण करने के पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव को वस्त्र अर्पित करें।
यज्ञोपवीतं समर्पयामि - वस्त्र अर्पण करने के पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्रों का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव को पवित्र सूत्र अर्पित करें।
गन्धम् समर्पयामि - निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव को सूखा चन्दन अथवा चन्दन का लेप अर्पित करें।
अक्षतान् समर्पयामि - गन्धम् अर्पण करने के पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव को अक्षत अर्पित करें।
पुष्पमालाम् समर्पयामि - तत् पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव को पुष्प एवं पुष्प हार अर्पित करें।
बिल्व पत्राणि समर्पयामि - तत् पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव को बिल्व पत्र अर्पित करें।
धूपम् आघ्रापयामि - तत् पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव को अगरबत्ती अथवा धूपबत्ती अर्पित करें।
दीपं दर्शयामि - तत् पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव के निमित्त शुद्ध देशी घी का दीपक प्रज्वलित करें।
नैवेद्यं निवेदयामि - दीपदान के पश्चात् हस्त प्रक्षालन कर नैवेद्य अर्पित करें। नैवेद्य में विभिन्न प्रकार के फल एवं मिष्टान्न सम्मिलित होने चाहिये तथा इन्हें निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये भगवान शिव को अर्पित करना चाहिये।
आचमनीयं समर्पयामि - तत् पश्चात् निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव को आचमन अर्पित करें।
ताम्बुलम् निवेदयामि - तत् पश्चात् निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव को पान (ताम्बूल) अर्पित करें।
दक्षिणां समर्पयामि - ताम्बुलम् अर्पण के पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव को दक्षिणा के रूप में धन अर्पित करें।
आरार्तिक्यं समर्पयामि - दक्षिणा अर्पण के पश्चात् पूजा की थाली में कपूर प्रज्वलित कर, निम्नलिखित मन्त्र का जाप करते हुये भगवान शिव की आरती करें।
प्रदक्षिणाम् समर्पयामि - आरती के उपरान्त, निम्नलिखित मन्त्र का जाप करते हुये, भगवान शिव की आधी परिक्रमा करें।
मन्त्र पुष्पाञ्जलि समर्पयामि - प्रदक्षिणा के पश्चात्, निम्नलिखित मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव को पुष्प अर्पित करें।
मन्त्र पुष्पाञ्जलि के उपरान्त, क्षमा-प्रार्थना मन्त्र का उच्चारण करते हुये, भगवान शिव से क्षमा-याचना करें।